بخشی از فرایند تولید دانشنامه فاطمی(ص) توسط پژوهشگران جامعة المصطفی العالمیه صورت پذیرفته است. مشارکت پژوهشگران المصطفی(ص)، مجتمع آموزش عالی امام خمینی(ره) به ویژه گروه تاریخ اسلام مجتمع در تولید دانشنامه به دو شکل بوده است:
اول: فعالیت پژوهشگران المصطفی(ص) در عضویت گروه های علمی دانشنامه نگاری و مشاوره و ارزیابی و ویراستاری علمی
در این بخش پژوهشگرانی که نقش داشتند به شکل زیر است:
نعت الله صفری فروشانی، عضویت شورای علمی گروه، مشاور و ارزیاب علمی
محمد الله اکبری: مشاور و ارزیاب علمی
علی عباسی: مدیر گروه حکمت
علی نقی خدایاری: مشاور و ارزیاب علمی و ویراستار علمی – ساختاری
علی معموری، مدیر گروه تاریخ دانشنامه، ویراستار علمی – ساختاری
سید علی رضا واسعی: مشاور و ارزیاب علمی
محمدرضا جباری: عضو شورای علمی گروه
سید علیرضا عالمی، ارزیاب و ویراستار علمی و ساختاری
عزالدین رضا نژاد: ارزیاب علمی
سید محمدرضا عالمی: ویراستار علمی – ساختاری
دوم : تالیف مقالات
پژوهشگران جامعه المصطفی و مجمتمع آموزش عالی امام خمینی به ویژه گروه تاریخ اسلام در تالیف مقالات نیز نقش داشته اند که اسامی مقالات و مولفان آن به شرح زیر است:
جلد اول
فدک / نعمت الله صفری فروشانی و سیدعلیرضا عالمی
حسن بن علی(ع) / سیدعلیرضا عالمی
محدَّثه بودن فاطمه(س) / محمدکاظم رحمان ستایش
حسین بن علی(ع) / سیدعلیرضا عالمی
زینب بنت علی(ع) / سیدعلیرضا عالمی
مناقب و کرامات فاطمه(س) / ناصر رفیعی محمدی
ام‌کلثوم / سیدعلیرضا عالمی
محسن بن علی(ع) / سیدعلیرضا عالمی
سیرة اخلاقی فاطمه(س) / محمدرضا جباری
سیرة فرهنگی و اجتماعی فاطمه(س) / محسن الویری
فاطمه(س) از نگاه قرآن / محمدعلی رضایی اصفهانی
فاطمه(س) از نگاه پیامبر(ص) / رمضان محمدی
فاطمه(س) از نگاه همسران پیامبر(ص) / علی غلامی دهقی
فاطمه(س) در گزارش‌های تاریخی اهل‌سنّت / محمدرضا هدایت‌پناه
کتاب‌شناسی فاطمه(س) / علی معموری
احادیث فاطمه(س) / علی‌نقی خدایاری
اشعار فاطمه(س) / سیدعلیرضا عالمی
امامت / عزالدین رضانژاد
شیعه / رحیم لطیفی و علی‌نقی خدایاری
دنیا و آخرت / رحیم لطیفی
اخلاق و فضایل / زهرا خزاعی
تربیت / علی‌همت بناری
آسیب شناسی مطالعات زنان / سیدعلیرضا عالمی